圣典
灵山寺，历来比较重视佛经圣典的印制、收藏、保管，把善加保存佛籍作为传法弘教的十分重要的事项。清康熙五十年至雍正十一年(1711—1733年)，灵山寺住持僧海山禅师，曾化募雕刻木版印刷藏经，可惜因年代久远，寺院兴废无常，所印藏经早已散佚无存，现只有部分经版还在。今寺内保存的佛籍有数百册，这里择其要者略加介绍。
《大正新修大藏经》
大藏经是佛教经书的总称，也叫一切经。《大正新修大藏经》，因其在日本大正年间开始编纂而得名。这部大藏经，自日本大正十一年至昭和九年(1922—1934年)，前后经过十三年的研究，又承蒙小野玄妙博士等大德鼎力相助，经历万难，克服障碍而告成。全书共一百册，三千零五十三部，一万一千九百七十卷，八万零六百三十四页，是一部具有一亿多万言，为日本累积多年佛教研究的成果，为“人类绍德之源泉，世界之一大宝库”。
这部大藏经由台湾净空法师倡印，台湾财团法人佛陀教育基金会于一九九o年三月出版印赠，布面金字，书名由净空法师题写。
书前《印送大藏经缘起》一文指出：“欣逢本会创始人净(空)公上人弘法三十周年，为感念法师弘法利生之功德，及开创本会之艰辛，特倡印大藏经三百部，普赠大陆以及海内外佛教寺院团体，以彰法师三十年来弘法之愿行。”
灵山寺，于一九九六年三月迎请全套《大正新修大藏经》。
《大唐西域记》
《大唐西域记》简称《西域记》，唐三藏法师玄奘奉诏口述，大总持寺沙门辩机撰。玄奘自贞观元年(627年)西行求取佛经，周游中亚及印度各地，至贞观十九年(645年)回国。书中描述所见所闻一百三十八个国家、城邦、地区的历史、地理、民俗、物产、宗教等。较早的有宋安吉州资福寺刊本(四部丛刊影印)和宋《碛沙藏经》本，是研究古印度和中亚地区的重要史料。
如今灵山寺所藏《大唐西域记》为一九九五年迎请，共十二卷，中国佛教协会拨款，一九五七年九月由金陵刻经处印制，共二百八十一张，五百六十二页，十一万二千四百字，觉音主编。
《妙法莲华经》
灵山寺存《妙法莲华经》三部，为一九九二年迎请。铅印三十二开本，每部四百六十八页，竖行排版，八万四千二百四十字。
《妙法莲华经》，简称《法华经》，西晋僧人竺法护译。永熙元年(290年)在白马寺校对，共十卷二十七品。一般认为此经起源较早，并经不同历史时期逐渐完成。在古印度、尼泊尔及中国新疆、西藏等地有梵文写本四十余种。此经写本多，译本也众，尤以后秦鸠摩罗什译出的七卷二十八品流传最广。经中宣扬三乘归一之旨，自言其法微妙，如莲花居尘不染，故名《妙法莲华经》。
《大般涅槃经》
《大般涅槃经》，简称《涅槃经》，分大乘、小乘两类。小乘《涅槃经》记载佛入灭的历史，现存有西晋竺法护译本二卷，东晋法显译本六卷及若那跋陀罗译本二卷。大乘《涅槃经》是以阐明教义为主，《大藏经》中收录的著名本子有北本、南本两部：北本《涅槃经》四十卷，为北凉昙无谶译：南本《涅槃经》三十六卷，为南朝宋慧观、觉严、谢灵运等参照法显译本《大般泥垣经》删订整理而成。
灵山寺藏本十四册，四十卷，四百六十三页，十八万五千二百字，北凉三藏昙无谶译，金陵刻经处刻印出版。
《摩诃[1]般若[2]波罗密经》
《摩诃般若波罗密经》为后秦鸠摩罗什译。灵山寺所藏的为线装本，三十卷，七百五十面，约三十万字，是一九九三年二月初八日释迦牟尼佛出家纪念日，由香港大屿山宝莲禅寺庆常法师敬赠，金陵刻经处刻版印制。
[1]摩诃：梵语音译，意即大、多或胜。
[2]般若：即大智慧。
《大般若经》
《大般若经》是《大般若波罗密多经》的简称。灵山寺于一九九五年迎请。全书十册，六百卷，六千二百八十页，六百六十三万一千六百八十字，众生文化出版有限公司于一九九三年九月初版。本经以宋版《碛沙大藏经》为底本，辅以《高丽大藏经》为校刊本，再辅以日本《大正新修大藏经》作为重刊本而作为本经的依据。
《大方广佛华严经》
灵山寺存《华严经》二部，其中一部为注释。《华严经》有三种译本。一是东晋佛驮跋陀罗译，六十卷，又名《六十华严》，或曰《华严》、《晋经》。二是唐实叉难陀译，八十卷，又名《八十华严》或《新华严》、《唐华严》。三是唐般若译，四十卷，又名《四十华严》、《贞元经》。《四十华严》实为二译中入法界品的别译。
《大方广佛华严经浅释》，为上海佛学书局印行，共二十三册，另一册为疏、序浅释。佛历二五三八年，即公元一九九四年敬印。
《楞严经》
灵山寺存有五部《楞严经》。
《楞严经》，全称为《大佛顶如来密因修证了义诸菩萨万行楞严经》，十卷，亦有人给简称为《首楞严经》，故有时会与《首楞严三昧经》相混淆。唐天竺沙门般剌密帝（华名极量）主译。乌苌国沙门弥伽释伽译语，房融笔授，怀迪证译。经名“首楞严”，华语为“一切事究竟巩固”。经中阐述心性本体，属大乘秘密部，但此经自宋时即被认为是伪经。
手抄本《大乘妙法莲华经》
此经本，为白马寺监院愚庵手抄本。共七卷，内容完整，本护板，上署：民国二十六年岁次丁丑，七月二十五日行者愚庵敬写。书写者心诚意整，持之以恒，每天写五百字，每行十字，每折六行。字迹非常工整，一丝不苟。书长三十五厘米，宽十厘米。
地藏三经
地藏三经包括《地藏菩萨本愿经》、《占察善恶业报经》、《大乘大集地藏十轮经》。《本愿经》署名为唐于阗国三藏沙门实叉难陀译，但《开元释教录》、《大周刊定众经目录》、《大唐内典录》等皆不曾收入，它的入藏时间乃在明代，故可判断此经为后人伪托实叉难陀之名无疑。《占察善恶业报经》署名天竺三藏菩提燈译，但也有后人伪托的嫌疑。《大乘大集地藏十轮经》则为唐玄奘法师译。
此地藏三经为金陵刻经处印制。